与钢质和木质渔船相比，玻璃钢渔船由于糊制工作量大、原材料价格偏高等因素影响，船舶造价较高。在规模批量建造前提下，玻璃钢渔船造价一般是同尺度钢质渔船的1.3～1.5倍，是同尺度木质渔船的1.5～3倍，这意味着渔民若选择建造玻璃钢渔船，将在初期增加投入不菲的成本。
当玻璃钢渔船与钢船拥挤在一起停靠码头时，玻璃钢船没有钢船耐磨，容易被钢船划伤，且玻璃钢渔船在有礁石等坚硬物体海滩坐滩时容易损坏玻璃钢船底。因此玻璃钢渔船锚泊时受到一定限制，需要提供一定的港口配套设施条件，或在建造时采取防护措施，如在船艏及船艉角部用不锈钢板外包，在艏部下端与岸边触碰处设置金属或非金属防磨板，船舷使用护舷材料防止碰撞受损。
由于玻璃钢渔船与同尺度的钢质渔船相比价格高出30%至50%，与木质渔船相比更是高达50%至300%，初期投入较大，成为渔民建造玻璃钢渔船的主要障碍。从国外玻璃钢渔船的发展历程可见，的政策支持和资金扶持推动起了决定性作用。
由于玻璃钢材质的特殊性，使得玻璃钢渔船的设计，与传统的渔船设计不同。玻璃钢渔船的建造相当复杂，包括船型设计、玻璃钢结构设计、玻璃钢原材料优化选择、规模化建造技术及在线质量控制等一系列技术的研究开发。
